Nació el 28 de mayo de 1929 en la ciudad de San Juan del Río Querétaro. En 1942 ingresó al Seminario Conciliar de Querétaro, donde hizo sus estudios sacerdotales. Fue ordenado sacerdote el 28 de noviembre de 1954, en el templo de Teresitas de la ciudad Santiago de Querétaro. El 6 de diciembre del mismo año cantó su primera misa en la parroquia de su ciudad natal, San Juan del Río.
Gracias al Pbro. Francisco Fernando Gavidia Arteaga, conocemos datos biográficos del padre José Morales, quien supo combinar su labor pastoral con otras acciones, en las que cosechó tantos aprecios como fieles a una religión a la que se entregó sin cortapisas. Ejerció su ministerio sacerdotal como ayudante en el templo de Capuchinas, fue asistente diocesano de la Unión de Católicos Mexicanos; fue asistente diocesano de la Asociación Católica de la Juventud Mexicana; asistente de la Junta Diocesana de la Acción Católica Mexicana; director diocesano de las Hijas de María; director diocesano de la Confraternidad de San Vicente de Paúl; asesor de la Cooperación de Estudios Mexicanos; asesor de la Unión Femenina de Estudiantes Católicas; y capellán de los Caballeros de Colón.
En el Seminario Conciliar Diocesano fue maestro de Latín, Historia de la Iglesia en México, Acción Católica, Matemáticas y Canto Gregoriano. En la Universidad Autónoma de Querétaro fue durante diez años maestro de Filosofía en las escuelas preparatoria y en las facultades de Ingeniería y Psicología. También fue maestro en la Escuela Normal 5 de Mayo. Además, fue vicario de la Parroquia de El Pueblito, capellán de los Hermanos Maristas y del Instituto Queretano. Participó en los trabajos de la Pastoral del Bajío, donde representó a la Diócesis de Querétaro junto con monseñor Javier Martínez. Fue director diocesano de la Cruzada de Oración en Familia, impulsada a nivel mundial por el padre Patricio Peyton.
Durante más de cincuenta años participó en la peregrinación anual de Querétaro al Tepeyac, primero como peregrino, a partir de 1954. Desde 1973 y hasta 2006, fue director espiritual de la tradicional romería. Fue cronista de la misma desde 1966. Además, junto con el padre Ernesto Espitia Ortiz, inició la Procesión del Silencio, que se celebra anualmente durante la Semana Santa en Santiago de Querétaro.
En la Escuela de Periodismo Carlos Septién García de la Ciudad de México, participó en un curso impartido por el prestigiado periodista Vicente Leñero. Por más de veinticinco años se desempeñó como vocero de la Diócesis de Querétaro, siendo titular del Secretariado de Comunicaciones, pionero de la Pastoral de Comunicaciones a nivel nacional. Siempre mostró su inclinación hacia los medios de comunicación, fue un periodista nato y desde que era seminarista escribía y dirigía dos publicaciones.
Por varios años condujo el programa A los toros, que trasmitía una estación radiofónica. Colaboró en la radio queretana –XENA, XEJX y ABC Radio– con un programa llamado Charlas Dominicales, con temas religiosos; los sábados en un programa infantil con música de Cri-Cri, contando fábulas donde lo llamaban El Padre Cri-Cri. Obtuvo el título de locutor por parte de la Secretaría de Educación Pública. Por mucho tiempo colaboró en el Diario de Querétaro con su columna semanal, que empezó a publicar desde su antecesor el periódico Amanecer. Hizo lo propio en los periódicos El Observador y Comunión Querétaro, editados por la Diócesis de Querétaro. Durante muchos años publicó y fue el director del periódico Comunicación, que se distribuía gratuitamente en los templos.
Fue capellán de futbol en los estadios Municipal y el Corregidora durante el Mundial México 1986, y de los equipos Gallos Blancos, Estudiantes, Atletas Industriales y Atletas Campesinos, así como de la Plaza de Toros Santa María de Querétaro. Fue un amante fiel de la fiesta de los toros, amigo de toreros, impulsor de novilleros y becerristas, organizador de festejos y colaborador de asociaciones. Organizó la fiesta religiosa y popular de la parroquia de Santa Anna –de ahí fue párroco-, en la que incluyó la práctica de soltar toros por las calles del barrio, como en Pamplona (España) que la gente bautizó como Santanada.
En resumen, José Morales fue sacerdote, periodista, aficionado práctico, capellán de plazas de toros, escritor, poeta, activista del Apostolado del Ruedo, fundador y benefactor del Centro Taurino Queretano y la Plaza de Toros Santa María de Querétaro. Fue el único capellán que tuvo ésta desde su inauguración el 22 de diciembre de 1963.
El padre José Morales Flores falleció el martes 27 de julio de 2010.
