En las calles que hoy hacen cruce Próspero C Vega y 16 de septiembre se encuentra la Parroquia de Santiago y a un costado la Facultad de Filosofía perteneciente a la UAQ, siendo justamente en estos recintos de imponente arquitectura donde los primeros jesuitas llegados a México pusieron el colegio de San Ignacio y el seminario Francisco Javier.
Según relatos del libro “De calicanto y cantera: la vocación educativa de un inmueble” coordinado por Maribel Miró Flaquer, la formación del colegio de San Ignacio en Querétaro tomó forma después de dos intentos, el primero promovido por Doña María de Tapia, hermana de Don Diego de Tapia y el segundo por el alférez real Tomás González de Figueroa.
Tras los intentos por comprar un terreno que albergara no sólo el colegio, sino también el seminario que llevó por nombre Francisco Javier, el escrito relata que la primera parte la vendió el capitán Salvador Madera a la Compañía de Jesús, la cual se fijó en 60 pesos de aquella época y así fueron adquiriendo parte de los predios de la calle Sol Divino (16 de septiembre) y del Salvador (Próspero C. Vega).
Finalmente el colegio San Ignacio en Querétaro, obtuvo el otorgamiento con la firma del acta de fundación fechada el 20 de agosto de 1625, firmada por el padre Pedro de Cabrera, Rector de la Compañía de Jesús y ante la presencia del alcalde mayor, Don Lesmes de Astudillo Macuelo.
Eran muchas las familias acomodadas que querían que sus hijos tuvieran enseñanza jesuita, gente de diferentes demarcaciones enviaban a sus vástagos a recibir la formación de lo que hoy se conoce como bachillerato; según los relatos del libro Historia de la Universidad de Querétaro primera parte, escrito por Fernando Díaz Ramírez, una vez concluida la primera enseñanza que duraba tres años, los alumnos eran enviados al colegio de la Nueva España, La Facultad Mayor de San Ildefonso de la capital virreinal a estudiar las tres únicas carreras superiores que existían: Jurisprudencia, Teología y Medicina.
Tras la expulsión de los jesuitas por parte de el rey Carlos lll una Cédula Real fechada el 9 de julio de 1769 entre otras cosas, determinó que el Colegio de San Ignacio fuera destinado para uso de los jóvenes que se encontraban en el seminario, mismo que también sería utilizado como cuartel del Escuadrón de Caballería de Milicias Provinciales de la Ciudad y la parte que albergaba a los estudiantes sería llamada Real Colegio de San Ignacio, texto referido de Historia de Querétaro de Manuel Septién.
Siendo emperador Maximiliano acudió a Querétaro en el año de 1684 según testimonio del presbítero Nicolás Campa quien era catedrático del Colegio de San Francisco Javier, este fue mandado llamar por el emperador quien le mostró su preocupación por el atraso y perjuicios de los jóvenes por concurrir a un colegio donde más bien se les embrutecía por lo que solicitó poner a los estudiantes en sus manos y en las de Próspero C Vega. Fue así como este último ocupó el cargo de rector y en el imperio de Maximiliano, reguló la instrucción secundaria, suprimió las plazas de capellanes y sacristanes en todos los espacios públicos. Todo esto y sus ideas revolucionarias de la época se vinieron abajo cuando fue aprendido y muerto precisamente en Querétaro.
Con todo estos acontecimientos y la mucha información que se puede encontrar en el libro coordinado por Maribel Miró Flaquer, se puede dar cuenta que pese a la fuerte presencia que se tuvo en el estado por parte de la iglesia católica, el gobierno se esmeró por hacer de la educación una cuestión de Estado.