A pesar de que los Gallos no pintan ni figuran en la Liga MX y con todos los problemas deportivos y administrativos, tienen a dos jugadores formados en la cantera queretana, se tratan de Luis Romo y Orbelín Pineda.
Luis Romo inició su trayectoria en la cantera de Cruz Azul pero a los 14 años llegó a Querétaro para sumarse a las fuerzas básicas e inició su proceso en la Sub 17, para después llega a la Sub 20 y también jugó para el equipo de segunda división de los Gallos.
Su debut en primera división fue el 17 de enero del 2018 ante Monarcas Morelia en un encuentro de la Copa MX, solamente duró un año jugando para Gallos y fue vendido a la Máquina del Cruz Azul por 4 millones de dólares, un buen negocio para los queretanos. Ahora está en la lista definitiva del tricolor y juega para los Rayados del Monterrey actualmente, se ve difícil que pueda tener minutos en Qatar 2022.
El otro canterano es Orbelín Pineda, futbolista nacido en el estado de Guerrero, llegó muy joven a las fuerzas básicas de Gallos luego de haberlo intentado con las Águilas de América, donde fue rechazado.
Orbelín cumplió con todo su proceso a partir de la Sub 15, Sub 17 y Sub 20, de los pocos jugadores que jugó en todas las categorías y llegó a primera división.
En el 2014 hizo su debut ante los Tuzos del Pachuca donde los Gallos ganaron 2-0, Pineda jugó menos de 10 minutos pero desde ese día se notaba su gran talento.
Los Gallos hicieron también un gran negocio al venderlo a Chivas en el 2015 por 5.5 millones de dólares. Actualmente Orbelín juega en el futbol griego con el AEK Atenas FC.
A pesar de que ninguno de los dos viste actualmente la camiseta de los Gallos, son jugadores que fueron formados en sus filas y que pueden presumir de tenerlos en una Copa del Mundo.