Las dos regiones hidrológicas a cargo de la Comisión Nacional del Agua (Conagua) en Querétaro se encuentran al 102% de su capacidad de almacenamiento en conjunto, sólo tres de las 26 presas que la componen no están llenas. A pesar de ello, su porcentaje de almacenamiento ronda el 70%.
La presa Santa Catarina, ubicada en Santa Rosa Jáuregui del municipio de Querétaro, finalmente rebasó su capacidad, presentando un 106% en la lectura del embalse el pasado 4 de octubre.
Todas las presas ubicadas en los municipios de San Juan del Río, Tequisquiapan, Colón y Pedro Escobedo están llenas y algunas superan su capacidad hasta en un 23%, como es el caso de la presa Centenario en Tequisquiapan, cuyo desfogue ocasionó inundaciones en el centro del municipio.
En San Juan del Río las presas Constitución de 1917, La Llave, El Coto, Puerta de Alegrías y Derivadora Constitución de 1917 acumulan hasta el 115% del total de agua que pueden contener.
Las únicas presas que aún no alcanzan la totalidad de su capacidad de almacenamiento se encuentran en la Región Hidrológica 12, Lerma Santiago; se trata de El Batán en Corregidora, San Rafael en Huimilpan y El Zapote en Querétaro.